「關港貿單一窗口」初期所提供之服務內容區隔為「入口網服務」、「單一簽入管理服務」、「訊息交換服務」、「網際網路申辦服務」、「網際網路資訊查詢服務」、「稅規費繳納服務」、「商品資料倉儲服務」及「其他加值服務」等。整體服務架構如下圖：

關港貿單一窗口整體服務架構